Badania wykonywane przez wykrywacz kłamstw znamy głównie z telewizji. Ze względu na ograniczona ilość czasu w filmach ogranicza się zazwyczaj do jednej sceny, w której zostaje zadane kluczowe dla całej historii pytanie. A jak naprawdę wygląda badanie wariografem? Przede wszystkim jest dużo mniej widowiskowe i dla postronnego obserwatora raczej nudne. Solidne badanie powinno być poprzedzone wywiadem i ogólnym badaniem stanu zdrowia osoby pytanej. Ma to na celu ustalić, czy badany nie jest pod wpływem jakiś środków, czy nie cierpi na żadne dolegliwości bólowe i będzie w stanie skupić się na badaniu. Przed podłączeniem do aparatury wszystkie pytania są ustalane i wyjaśniane z badanym. Dokładnie tłumaczy mu się, jakich wydarzeń badanie będzie dotyczyć, tak, aby wyeliminować nieporozumienia i idące za tym niewłaściwe odpowiedzi. W przeciwieństwie to tego, co widzimy w filmach, nie ma tutaj miejsca na pytania z zaskoczenia. Po podłączeniu do aparatury monitorującej oddech i pracę serca, przychodzi czas na tzw. pytania obojętne np. o imię, wiek itp. Przy pytaniach tych organizm nie powinien reagować emocjami, a jeżeli tak jest, to może znaczyć, ze badany jest zbyt zdenerwowany, by można było przeprowadzić na nim badanie. Po pytaniach obojętnych przychodzi czas na pytania właściwe. Wszystkie pytania mogą być tak sformułowane, żeby można było odpowiedzieć na nie słowami „tak” lub „nie”. Nie powinny tez zawierać sformułowań obraźliwych lub wywołujących negatywne emocje. Badanie zmykają pytania kontrolne, które mają na celu ustalenie, czy odpowiedzi na pytania krytyczne nie były nieszczere. Serie pytań powinny być powtórzone wielokrotnie, wyniki nałożone na siebie i dopiero wtedy interpretowane. Całe badanie trwa około 2-3 godzin. Po zakończeniu badania następuje analiza uzyskanych wykresów. Czasami ich jednoznaczna interpretacja jest niemożliwa. Jeżeli udzielając tej samej odpowiedzi na to samo pytanie badany raz reagował emocjonalnie, a za drugim razem nie, może to oznaczać, że próbował kontrolować swoje emocje, albo zwyczajnie myślał o czymś innym.
